Inaugurada em 1998, a Uakari Lodge é administrada por meio de uma gestão compartilhada entre o Instituto Mamirauá e as comunidades da Reserva Mamirauá. Uma associação, a AAGEMAM (Associação de Auxiliares e Guias de Ecoturismo do Mamirauá), foi criada pelos próprios moradores a fim de organizar a gestão do turismo e fortalecer a organização comunitária.

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A operacionalização da Uakari Lodge é uma linha de atuação do Programa de Turismo de Base Comunitária do Instituto Mamirauá.

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A  maioria dos funcionários é das comunidades ribeirinhas, desde a gerência, passando pelos guias locais, camareiras, cozinheiros, auxiliares e zeladores. A equipe da Pousada funciona em sistema de rodízio, cada pessoa trabalha em média 10 dias por mês e depois volta para casa. O objetivo é que não haja dependência do turismo e eles possam continuar exercendo suas atividades tradicionais.